Posso ter mais de uma conta de email sincronizada no iCloud ou só emails da Apple?
Rola sim.
Só precisa adicionar em Ajustes -> Mail, Contatos, Calendários -> Adicionar Conta.
Só uma será a principal. Só uma aparecerá em Ajustes -> iCloud. Só nessa você vai poder acessar os documentos do iCloud, fazer backup, …
Mas EMails, Contatos e Calendários é possível ter associado mais de um.