Quando eu deleto ela pelo iTunes no PC, fica com aquele simbolo do iCloud para baixar ela de novo.
Agora a Lista de Músicas Compradas PODE aparecer dentro do Música.app, e ficam com a Nuvem ao lado para serem baixadas novamente.
Se quiser retirar essa exibição, vá em Ajustes -> Música -> Mostrar Todas
Também é possível apagar diretamente pelo aparelho, abra o Músicas.app toque em Músicas na barra inferior e faça um swipe para a esquerda que aparecerá o botão de apagar.
O mesmo vale para o Vídeos.app.