O Coca Marcos de Oliveira aquele que me deve uma guloseima comentou mais cedo comigo sobre o comportamento das Rotas de Transporte Público no Apple Maps.
Não consigo precisar em qual versão isso passou a acontecer. Creio que tenha sido na 6.1. Mas agora quando você seleciona Transporte Público é levado para uma tela de seleção de de apps de Itinerários. Tanto os que você tem instalados quanto os que estão diponíveis na loja.
Na verdade tem sido assim desde sempre no iOS 6.
Gambiarra. Mas até que funciona.