Não sumiram. Quando você está na visualização de Lista nos Podcasts do iTunes 11.1, e clica em Ajustes na barra inferior aparecem apenas os Ajustes Globais.
Agora, para alterar os Ajustes Personalizados, é preciso escolher a visualização Meu Podcasts, selecionar o podcasts que você deseja personalizar e clicar em Ajustes, no canto superior direito.
De acordo com a periodicidade do cast é possível personalizar e obter uma experiência mais agradável, como sugeri em .