Abra o Finder, pressione ⌘(command) + ⇪(shift) + G e digite:
/System/Library/CoreServices/CoreTypes.bundle/Contents/Resources/
Copie para a Mesa o Arquivo GenericFolderIcon.icns. Abra a cópia com a Pré-Visulização, e altere a cor de cada um dos ícones no Menu Ferramentas -> Ajustar Cor.
Ou então baixe pacotes de ícones como o Colored Yosemite Folders. Busque pos ICNS.
Com o GenericFolderIcon.icns alterado, devolva-o para pasta /System/Library/CoreServices/CoreTypes.bundle/Contents/Resources/.
Limpe o cache, digitando no Terminal:
sudo find /private/var/folders/ -name com.apple.dock.iconcache -exec rm {} \;
sudo find /private/var/folders/ -name com.apple.iconservices -exec rm -rf {} \;
Reinicie o Mac.
Faça a mesma coisa para ApplicationsFolderIcon.icns, DesktopFolderIcon.icns, …