Basta desligar em Ajustes ➟ Safari ➟ Sites Mais Visitados
Lembro que você pode, ao tocar por algum tempo num “Site Mais Visitado”, você pode apagar. E que com o 3D Touch você pode ter um preview do site.
Ah… Você também pode escolher em Ajustes ➟ Safari ➟ Preferidos os sites que aparecerão em preferidos.