Estou tendo problemas de contatos duplicados. Olhei no site iCloud, está correto. Olhei nos contatos do Mountain Lion, também sem duplicados. Apenas no iPhone está com essa duplicação.
Primeira observação. Não existem contatos duplicados à rigor. Isso porque o iOS unifica homônimos. Pode testar. Coloca dois contatos com mesmo nome e sobrenome que eles terão suas informações condensadadas.
Isso é até um problema para que de fato conhece homônimos.
Sobre a duplicação
Pode ser 3 coisas:
Primeiro. Sua conta do GMail, por exemplo, está para exibir os contatos. Desmarque em Ajustes -> Mail, Contatos e Calendários -> GMail.
Segundo. Pode ser o Facebook. Verifique em Ajustes -> Facebook.
Terceiro. Pode ser a sincronização de Contatos do iTunes. Desmarque-a.