Como tirar essa mensagem?
Não tem como.
Ou contrata mais espaço no iCloud ou Desabilita o Backup no iCloud ou Reduz o Espaço usado pelo Backup no iCloud.
Você também poderia reduzir o espaço que os app usam no iCloud. Mas não recomendo resolver dessa forma. Se quiser fazer, vá em Ajustes -> iCloud -> Documentos/Dados e desabilite os app que não poderão salvar dados no iCloud.
Eu tentaria, antes de desabilitar o backup, ir em Ajustes -> iCloud -> Armazenamento e Backup -> Gerenciar Armazenamento, selecionar o Backup do dispositivo e desmarcar os apps que “não precisam” de backup.
Rolo da Câmera não precisa de backup. Já tem a Sequência de Fotos.
Evernote também não precisa. Já é na nuvem.
Ou seja, tudo o que já está na nuvem pode ser retirado do backup.