O iOS 9 veio com o iCloud Music Library. Se você tiver o iTunes Match ou o Apple Music, poderá habilitar o iCloud Music Library em Ajustes ➟ Música.
iCloud Music Library é o nome que a Apple deu para quando você pode deixar as suas músicas na nuvem, o que você fazer pelo iTunes Match ou Apple Music.
Entretanto, se habilitar, não poderá sincronizar suas músicas através do iTunes.
Mas você tem que escolher. Pois, deixando desabilitado em todos seus dispositivos, não poderá fazer streaming do seu Mac nem baixar música do Apple Music para outros dispositivos, portanto não terá acesso offline.
É complicado mesmo.
Resumindo, se você quer sincronizar suas músicas no iTunes e não consegue porque diz “iCloud Music Library ativo”, desligue a funcionalidade.
Essa é uma configuração por dispositivo.
No iTunes, o iCloud Music Library fica em Preferências ➟ Geral.