Tenho um HD com arquivos e qdo espetei no Mac ele mostrou opção de configuração para backup mas pediu pra formatar o disco, se eu formatar eu posso depois utilizar esse HD pra copiar arquivos no Windows?
O formato que o OS X usa por padrão é o HFS+.
Já o Windows usa NTFS.
Eles são incompatíveis entre si.
O Mac até consegue ler os dados de um HD que esteja formatado com NTFS, mas não conseguirá gravar dados. Será preciso a ajuda de um programas para você conseguir gravar dados em NTFS no Mac.
Já o Windows, não consegue nem ler o HFS+. Você precisará da ajuda de programas apra poder usar o HFS+ no Windows.
O único formato compatível entre eles é o ExFat.
Mas essa limitação não ocorre no ExFat. O único ponto contra é se você for compartilhar arquivos com uma SmartTV, pode ser que ela não suporte ExFat.
Portanto, usam ExFAT.
O ExFAT é suportado no OS X desde o Snow Leopard.
Agora respondendo a pergunta, o Time Machine vai formatar em HFS+ e portanto não será compatível com o Windows.