É possível apagar arquivos do iCloud, sem ficar restrito à visão do aplicativo.
Cada aplicativo, gerencia apenas o seu próprio conteúdo. Mas alguns aplicativos, principalmente no iOS, não permitem esse gerenciamento.
No Mac (até é possivel fazer isso no iOS, mas vou reservar essa informação) configurado com a conta iCloud que você deseja apagar o conteúdo, acesse ~/Library/Mobile Documents/
Localize a pasta do App que você deseja gerenciar e, pronto, remova o conteúdo.
Muito cuidado ao mexer nessa “~/Library/Mobile Documents/” é o coração do iCloud!