UPDATE: A versão 3.5 já permite apagar. Basta Selecionar o tuíte que no canto superior a direita irá aparecer uma lixeira, no lugar do retuitar.
Essa é uma limitação conhecida. Até a versão 3.3.5 não há como apagar seus tuítes através do Twitter para iPad. Essa funcionalidade já está na lista de ToDo dos desenvolvedores. A solução por hora é usar a versão web, ou mesmo a versão para iPhone. Vamos aguardar para ver quando eles vão implementar a solução definitiva.
Muitas outras pendências também são aguardadas, diga-se. O Twitter para iPad tem um design de interface excelente. Mas peca em vários aspectos. Para citar um deles, veja esse exemplo de descrição maior que o botão.
