Vez ou outra isso acontece comigo. Aperto o “X”, o diálogo de exclusão aparece, confirmo mas o Mac App não é deletado.
Reparar permissões não adianta.
Mas nada que um boot não resolvesse. Ao menos no meu caso.
Há soluções mais drásticas, mas vamos manter as coisas estupidamente simples.
Se o boot não resolver, tente o gratuito AppCleaner, talvez ajude.