Não é possível editar filmes 3D no Final Cut Pro nativamente é preciso plugins. Os concorrentes Adobe Premiere/After Effects e Sony Vegas permitem.
A patente 8631047 exibe uma tela de edição com similar ao Final Cut Pro detalhando a metodologia Apple para lidar com o 3D.
Basicamente, já que são usadas duas câmreras para fazer o 3D, ao importar os vídeos, automaticamente seriam identificados os pares.
via Apple Insider