Não confunda Alternar Janelas com Alternar Aplicativos.
Para alternar entre Aplicativos usa-se o atalho command+tab.
Mas e quando você estiver com duas Janelas do Safari ou do Pages abertas e quiser alternar entre elas?
Use command+` (em cima do Tab) e o foco será movido para a próxima Janela do mesmo Aplicativo.
Se não funcionar, ative o atalho em Preferências do Sistema -> Teclado -> Atalho -> Teclado -> Mover foco para a próxima janela.