Tem como fazer o SkyDrive não manter o icone no Dock?
Sim.
Essa opção deveria existir nas preferências do Skydrive. Quem não quiser ficar com o ícone do Skydrive no dock do Mac OS X pode rodar esse comando num terminal, reiniciar a aplicação do Skydrive e se livrar do ícone:
defaults write /Applications/SkyDrive.app/Contents/Info.plist LSUIElement 1
via Ricardo Bonon
Atualização
14/06/2012 – A versão atual já consta com essa opção nas preferências.